Škola vznikla sloučením dvou škol v roce 2003, Zvláštní školy Nepomucká a Speciální školy Pod Radnicí. Sama škola Pod Radnicí měla dlouholetou tradici ve vzdělávání.

V současné době jsou součástí školy dvě pracoviště:

hlavní budova Pod Radnicí 5 a detašované pracoviště V Cibulkách. Obě pracoviště se nacházejí v lokalitě Košíře.

Přípravná třída, první stupeň ZŠ praktické a třída ZŠ speciální jsou umístěny ve dvou budovách V Cibulkách. Druhý stupeň ZŠ praktické je soustředěn do hlavní školní budovy Pod Radnicí. Obě pracoviště jsou po rekonstrukcích, dobře vybavená, s příjemným prostředím pro žáky i vyučující.